陈善元，男，博士，1978年11月生，云南省绥江县人，云南省“百名海外高层次人才计划”入选者、云南省“万人计划”青年拔尖人才专项入选者、第三届中国青少年科技创新奖获得者。
现任米兰国际官网生态与环境学院教授，硕士生导师，植物学与动物学系主任。目前担任动物学学位点和动物学实验室负责人。
主要从事动物遗传与进化、动物生态基因组学方面的研究。先后承担完成了葡萄牙科技基金（FCT）项目、国家自然科学基金项目、省级人才计划项目等10余项；在国内外核心刊物上发表学术论文70余篇，其中SCI刊物上发表50余篇；出版专著1部。获得云南省自然科学奖一等奖1项（2020年）。
在家养动物起源与驯化、洞穴鱼类适应性进化方面取得了突出成绩，主要包括以下几个方面：
（1）基于线粒体DNA序列和考古学证据，揭示了世界瘤牛（Bos indicus）起源于印度次大陆，为解析瘤牛对湿热环境适应性的遗传机理研究提供了科学依据。
（2）基于基因组分析，揭示了部分云南地方家畜品种（如德宏高峰牛、邓川牛和云岭山羊）优良性状形成的遗传基础，为优异基因资源挖掘和分子育种设计研究提供了科学依据。
（3）基于对洞穴型和地表型金线鲃属（Sinocyclocheilus）鱼类肠道微生物的宏基因组分析，揭示了该属鱼类肠道微生物与生境适应之间通过“食物资源--摄食习惯和偏好--捕食模式--肠道菌群--消化吸收能力”形成闭环关系，为洞穴鱼类的适应机制研究提供了科学依据。
联系方式
E-mail: chensy@ynu.edu.cn; 1162581378@qq.com
学历
l 1996.9－2000.7：云南农业大学动物科学技术学院，畜牧专业，获农学学士学位
l 2000.9－2003.7：米兰国际官网生命科学学院，动物学专业，获理学硕士学位
l 2003.9－2006.7：米兰国际官网生命科学学院，生态学专业，获理学博士学位
l 2007.3－2010.1：葡萄牙波尔图大学生物多样性与遗传资源研究中心，博士后
近十年主持或承担的科研项目
l 2014-2019：中共云南省委组织部：云南省“百名海外高层次人才引进计划”项目，项目负责人，经费100万元（其中科研经费50万元）
l 2015-2018：国家基金委地区科学基金项目：云南家牛地方品种的基因组多样性与选择信号研究，项目负责人，经费50万元
l 2016-2019：国家基金委地区科学基金项目：利用生态基因组学方法解析金线鲃属鱼类体色性状演化的分子机理，项目参与人，经费45.6万元
l 2019-2024：云南省人才工作领导小组办公室：云南省“万人计划”青年拔尖人才专项，项目负责人，经费50万元
l 2022-2025：国家基金委地区科学基金项目：云南瘤牛对梨形虫病抗性产生的遗传机制初探，项目负责人，经费34万元
l 2021-2026：国家重点研发计划项目子课题：山羊优异肉、绒及乳用种质资源精准鉴定，课题负责人，经费160万元
l 2021-2026：国家重点研发计划项目子课题：邓川牛乳肉兼用性状精准鉴定，课题共同负责人，经费75万元
l 2025-2028：国家基金委地区科学基金项目：云南地方山羊品种的群体基因组学研究，项目负责人，经费32万元
社会兼职
l 教育部高等学校大学生物学课程教学指导委员会，委员（2018年～）
l 云南省高等学校大学生物学课程教学指导委员会，主任委员（2018年～）
l 《米兰国际官网学报(自然科学版)》《生物学杂志》编委。
获奖情况
l 2000年获云南省自然科学奖一等奖(排名第6)：家养动物的起源与驯化. 证书号：2020DA005-R-006
l 2020年获米兰国际官网第十九届教学成果奖特等奖(排名第7)：依托区位资源和学科优势构建生态文明多层次米兰体育官网app体系.
l 2023年获第三届全国高校教师教学创新大赛云南赛区比赛暨第六届云南省高校教师教学大赛三等奖：遗传学.
l 2024年获第四届全国高校教师教学创新大赛云南赛区比赛暨第七届云南省高校教师教学大赛三等奖：遗传学.
l 2025年获云南师范大学教学成果奖一等奖(排名第8)：生物科学专业“四课堂”协同育人实践教学生态体的构建与探索
参加编写的主要论著：
1. 陈善元主编. 2020年. 瘤牛抗病力分子机制研究. 北京：科学出版社.
近十年发表主要学术论文（“#”第一或共同第一作者，“*”通讯或共同通讯作者）
1. Zhu J#, Li C#*, Wu L, You Y, Sheng Z, Fu M, Xiao H, Chen S*. 2025. Chromosome-level genome assembly of Sinocyclocheilus jii based on PacBio HiFi and Hi-C sequencing. Scientific Data, 12(1): 1303.
2. Feng KJ#, Yang M#, Liu YY#, Huang ZY, Li YM, Wen LY, Xiao H, Chen S*. 2025. Whole-Genome Sequencing of 54 Dengchuan Cattle (Bos taurus) from Southwest China. Scientific Data, 12(1): 1090.
3. Liu R#, Liu H#, Li R, Li C, Xiao H, Chen S*. 2025. Identification and differential expression analysis of microRNAs in the liver and spleen tissues of Yunnan Zebu and Holstein cattle. Tropical Animal Health and Production, 57(2): 96.
4. Chen Y, Xiao H, Yue Z, Wu X, Zan R*, Chen S*. 2025. Molecular Phylogeny and Evolutionary History of the Genus Cyprinus (Teleostei: Cypriniformes). Fishes, 10(3): 121.
5. 黄宗友, 苏相生, 刘永艳, 李雅曼, 陈善元*. 2024. 基于血液生理生化指标初步探究云岭山羊抗逆性特征. 中国畜牧杂志, 60(06): 291-297.
6. 刘永艳, 李雅曼, 黄宗友, 肖蘅, 陈善元*. 2024. 基于血常规指标探究邓川牛的生理特性. 中国畜牧杂志, 60(06): 283-287.
7. Chen HY#, Li CQ#, Chen SY*, Xiao H*.2023. Metagenomic analysis reveals hidden links between gut microbes and habitat adaptation among cave and surface dwelling Sinocyclocheilus species. Zoological Research, 44(4): 793-807.
8. Chen X#, Duan X#, Chong Q#, Li C, Xiao H, Chen S*. 2023. Genome-Wide DNA Methylation Differences between Bos indicus and Bos taurus. Animals, 13(2): 203.
9. Chen Y#, Li R#, Sun J#, Li C, Xiao H, Chen S*. 2022. Genome-Wide Population Structure and Selection Signatures of Yunling Goat Based on RAD-seq. Animals, 12(18): 2401.
10. Li R, Chen S*, Li C, Xiao H, Costa V, Bhuiyan MSA, Baig M, Beja-Pereira A*. 2022. Whole-Genome Analysis Deciphers Population Structure and Genetic Introgression Among Bovine Species. Frontiers in Genetics, 13: 847492.
11. Li R#, Sun J#, Zhao Y, Xiao H, Chen S*. 2021. Maternal origins, population structure and demographic history of ten Chinese indigenous goat breeds from Yunnan. Journal of Animal Breeding and Genetics, 138(1): 108-121.
12. Li R, Li C, Chen H, Li R, Chong Q, Xiao H*, Chen S*. 2020. Genome-wide scan of selection signatures in Dehong humped cattle for heat tolerance and disease resistance. Animal Genetics, 51(2): 292-299.
13. Li C#, Chen H#, Zhao Y, Chen S*, Xiao H*. 2020. Comparative transcriptomics reveals the molecular genetic basis of pigmentation loss in Sinocyclocheilus cavefishes. Ecology and Evolution, 10(24): 14256-14271.
14. Chen H#, Li C#, Liu T, Chen S*, Xiao H*. 2020. A Metagenomic Study of Intestinal Microbial Diversity in Relation to Feeding Habits of Surface and Cave-Dwelling Sinocyclocheilus Species. Microbial Ecology 2020, 79(2): 299-311.
15. Chen Y#, Yang Y#, Li C, Li R, Xiao H, Chen S*. 2020. Genetic diversity of TLR3 and TLR8 genes among five Chinese native cattle breeds from southwest China. Livestock Science, 232: 103895.
16. Zhao Y#, Chen H#, Li C, Chen S*, Xiao H*. 2020. Comparative Transcriptomics Reveals the Molecular Genetic Basis of Cave Adaptability in Sinocyclocheilus Fish Species. Frontiers in Ecology and Evolution, 8: 589039.
17. Li R, Li C, Chen H, Liu X, Xiao H, Chen S*. 2019. Genomic diversity and admixture patterns among six Chinese indigenous cattle breeds in Yunnan. Asian-Australasian Journal of Animal Sciences 2019, 32(8): 1069-1076.
18. Chen Y, Zeng B, Shi P*, Xiao H*, Chen S*. 2019. Comparative Analysis of the Liver and Spleen Transcriptomes between Holstein and Yunnan Humped Cattle. Animals, 9(8): 527.
19. Li R, Li C, Liu H, Zeng B, Xiao H, Chen S*. 2018 Mitochondrial diversity and phylogeographic structure of native cattle breeds from Yunnan, Southwestern China. Livestock Science, 214: 129-134.
20. Pérez-Pardal L#, Chen S#, Costa V, Liu X, Carvalheira J, Beja-Pereira A*. 2018. Genomic differentiation between swamp and river buffalo using a cattle high-density single nucleotide polymorphisms panel. Animal, 12(3): 464-471.
21. Chen YY, Li R, Li CQ, Li WX, Yang HF, Xiao H*, Chen SY*. 2018. Testing the validity of two putative sympatric species from Sinocyclocheilus (Cypriniformes: Cyprinidae) based on mitochondrial cytochrome b sequences. Zootaxa, 4476(1): 130-140.
早期发表主要学术论文（“#”第一或共同第一作者，“*”通讯或共同通讯作者）
1. Chen S, Gomes R, Costa V, Santos P, Charneca R, Zhang YP, Liu XH, Wang SQ, Bento P, Nunes JL, Buzgó J, Varga G, Anton I, Zsolnai A, Beja-Pereira A*. 2013. How immunogenetically different are domestic pigs from wild boars: a perspective from single-nucleotide polymorphisms of 19 immunity-related candidate genes. Immunogenetics 65(10): 737-748.
2. Chen S, Gomes R, Costa V, Rocha I, Zsolnai A, Anton I, Charneca R, Santos P, Nunes JL, Buzgó J, Varga G, Zhang YP, Beja-Pereira A*. 2012. Novel coding genetic variants of the GBP1 gene in wild and domestic pigs (Sus scrofa). Livestock Science 146(1): 1-4.
3. Chen S, Costa V, Beja-Pereira A*. 2011. Evolutionary patterns of two major reproduction candidate genes (Zp2 and Zp3) reveal no contribution to reproductive isolation between bovine species. BMC Evolutionary Biology 11(1): 24.
4. Chen S#, Lin BZ#, Baig M, Mitra B, Lopes RJ, Santos AM, Magee DA, Azevedo M, Tarroso P, Sasazaki S, Ostrowski S, Mahgoub O, Chaudhuri TK, Zhang YP, Costa V, Royo LJ, Goyache F, Luikart G, Boivin N, Fuller DQ, Mannen H, Bradley DG, Beja-Pereira A*. 2010. Zebu cattle are an exclusive legacy of the South Asia Neolithic. Molecular Biology and Evolution, 27(1): 1-6.
5. Chen SY, Zhang RD, Feng JG, Xiao H, Li WX, Zan RG, Zhang YP*. 2009. Exploring factors shaping population genetic structure of the freshwater fish Sinocyclocheilus grahami (Teleostei, Cyprinidae). Journal of Fish Biology, 74(8): 1774-1786.
6. Chen SY, Costa V, Azevedo M, Baig M, Malmakov N, Luikart G, Erhardt G, Beja-Pereira A*. 2008. New alleles of the bovine κ-casein gene revealed by resequencing and haplotype inference analysis. Journal of Dairy Science, 91(9): 3682-3686.
7. 陈善元, 张亚平*. 2006. 家养动物起源研究的遗传学方法及其应用. 科学通报, 51(21): 2469-2475.
8. Chen SY#, Zhou F#, Xiao H, Sha T, Wu SF, Zhang YP*. 2006. Mitochondrial DNA diversity and population structure of four Chinese donkey breeds. Animal Genetics, 37(4): 427-429.
9. Chen SY#, Duan ZY#, Sha T, Xiangyu J, Wu SF, Zhang YP*. 2006. Origin, genetic diversity, and population structure of Chinese domestic sheep. Gene, 376(2): 216-223.
10. Xiao H#, Chen SY#, Liu ZM, Zhang RD, Li WX, Zan RG*, Zhang YP*. 2005. Molecular phylogeny of Sinocyclocheilus (Cypriniformes: Cyprinidae) inferred from mitochondrial DNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 36(1): 67-77.
11. Chen SY, Su YH, Wu SF, Sha T, Zhang YP*. 2005. Mitochondrial diversity and phylogeographic structure of Chinese domestic goats. Molecular Phylogenetics and Evolution, 37(3): 804-814.
